机关单位工资发放的会计处理需遵循《政府会计制度》的双分录原则，既要完成财务会计核算，又要同步记录预算会计资金流动。相较于企业会计，其核心差异体现在科目设置、财政拨款处理以及代扣项目的权责归属上。例如，应付职工薪酬需按工资结构设置多级明细科目，而财政拨款收入直接关联国库集中支付系统。
工资计提阶段需分项确认费用归属。根据工资组成结构（基本工资、津贴补贴、绩效工资等），通过业务活动费用科目归集成本：借：业务活动费用—工资福利费用（按基本工资、津贴补贴、绩效工资分项列支）
贷：应付职工薪酬—基本工资
应付职工薪酬—津贴补贴
应付职工薪酬—绩效工资
该步骤需同步计提单位承担的社保及公积金部分，例如养老保险单位部分按工资总额16%计提：借：业务活动费用—社保公积金（单位）
贷：应付职工薪酬—养老保险（单位部分）
代扣个人社保与个税需严格区分责任主体。从应付职工薪酬中剥离个人承担部分时，需通过其他应付款和应交税费科目过渡：借：应付职工薪酬—基本工资
贷：应付职工薪酬—养老保险（个人部分）
应付职工薪酬—医疗保险（个人部分）
其他应交税费—应交个人所得税
该操作需确保代扣金额与社保部门核定的基数一致，避免因计算错误导致账实差异。
实际发放工资涉及财政资金流转。通过国库集中支付系统支付实发部分时，会计分录需体现资金流向：借：应付职工薪酬—基本工资（扣除代扣项后）
应付职工薪酬—津贴补贴
应付职工薪酬—绩效工资
贷：财政拨款收入
此环节需注意预算会计需同步确认支出，按应发工资总额借记行政支出/事业支出，贷记财政拨款预算收入，而非仅记录实发金额。
社保与个税缴纳需完成代扣款项的最终划转。单位与个人承担的社保合并缴纳时：借：应付职工薪酬—养老保险（单位部分）
应付职工薪酬—养老保险（个人部分）
其他应付款—医疗保险（个人部分）
贷：财政拨款收入
个人所得税缴纳则通过：借：其他应交税费—应交个人所得税
贷：财政拨款收入
该流程需确保代扣款项及时上缴，避免滞纳金风险。
注意事项与常见错误需重点关注三点：一是科目对应关系，例如单位负担的社保必须单独计提而非混入工资费用；二是预算会计处理需按收付实现制全额确认支出；三是数据准确性需核对职级工资表、社保基数核定表等原始凭证。常见错误包括将副科级岗位工资误用正科级标准、五险一金基数未按应发工资计算等。
