政府债券作为财政资金筹措的重要工具，其会计处理需精准反映资金募集、使用及偿还的全过程。根据政府会计制度，这类业务需同时进行财务会计和预算会计双轨制核算，既要体现经济资源流动，又要监控预算执行进度。尤其对于地方政府专项债券这类定向融资工具，会计处理更需关注专款专用原则与项目化核算特点，涉及科目设置、利息计提、本金偿还等多环节的复杂操作。
在债券发行阶段，财务会计需确认负债形成与资金流入。当政府通过一般债券筹集资金时，会计分录为：借：国库存款
贷：债务收入—一般债券收入
同时预算会计需同步记录：借：债务预算收入
贷：资金结存—货币资金
而对于专项债券，因其资金用途与特定项目绑定，还需在明细科目中标注具体项目编号，例如“债务收入—轨道交通专项债券”。
利息计提环节需区分分期付息与到期还本付息两种模式。以分期付息债券为例，每期计提利息时财务会计分录为：借：财务费用—债务利息支出
贷：应付利息—政府债券利息
预算会计则需在支付利息时记录：借：一般公共预算支出—债务付息支出
贷：资金结存—货币资金
若为到期一次性还本付息债券，需通过应付债券—应计利息科目累计利息支出，避免预算执行与权责发生制的冲突。
本金偿还阶段需特别注意债务预算支出科目运用。财务会计处理为：借：债务还本支出
贷：国库存款
预算会计则需冲减债务预算：借：债务还本支出
贷：资金结存—货币资金
对于专项债券，若项目收益未能覆盖本息，可能触发财政补贴机制，此时需通过财政拨款收入科目进行差额补足核算。
特殊情形下的会计处理需结合业务实质。当城投公司作为专项债券资金承接主体时，若项目形成可确权资产，需在财务会计中确认：借：固定资产/在建工程
贷：财政拨款收入
同时预算会计记录：借：事业支出—资本性支出
贷：资金结存—财政拨款
若债券资金用于委托代建项目，则需通过“预收账款—专项债券资金”科目过渡，待项目验收后结转收入。
