鲜活商品的短缺会计处理具有特殊性。由于鲜活商品易腐、易损耗的特性，其日常损耗通常被视为经营过程中的正常现象，在会计处理上与工业品或普通商品存在差异。这类商品在储存、运输环节发生的自然损耗一般不会单独进行账务调整，而是通过月末库存盘点后倒挤成本的方式反映。但若短缺涉及责任事故或非正常损失，则需通过待处理财产损溢科目进行核算，并根据不同原因完成后续分录。
在发现鲜活商品短缺时，需区分核算方式。若企业采用进价核算，应按短缺商品的进价进行账务处理：借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢
贷：库存商品（短缺商品进价）
若采用售价核算，还需同步调整商品进销差价，具体分录为：
借：待处理财产损溢（进价）
借：商品进销差价（售价与进价差额）
贷：库存商品（售价）
查明短缺原因后，需分类处理：
- 自然损耗（如水分蒸发、腐坏变质）：
借：管理费用
贷：待处理财产损溢 - 责任事故赔偿（如员工过失或盗窃）：
借：其他应收款——责任人
贷：待处理财产损溢 - 非正常损失（如自然灾害）：
- 需转出已抵扣的进项税额：
借：待处理财产损溢（进价×税率）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出） - 净损失转入损益：
借：营业外支出
贷：待处理财产损溢（进价+转出税额）
需要特别注意的是，鲜活商品的日常损耗通常不单独进行分录。根据售价核算的特点，月末需通过倒挤法计算销售成本：根据盘点后的实际库存金额（盘存数量×最后一次进货单价），以公式期初库存+本期采购-非销售发出-期末库存=销售成本直接结转。这种处理方式简化了频繁损耗的核算流程，但要求企业建立严格的定期盘点制度以确保账实相符。对于需要税务处理的非正常损失，还需留存商品报损证明和进项税额转出计算依据，以避免税务风险。
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