化肥和农药的会计处理需要根据其用途和使用阶段进行科目划分。根据现行会计准则，这类农业生产资料在购入、使用及后续流转过程中涉及原材料、农业生产成本和应交税费等多个科目核算。不同使用场景下的会计处理存在显著差异，特别需要注意生产性用途与销售性用途的科目选择差异。
生产用途的会计处理流程包含三个关键环节。首先，在购入环节需将采购成本计入原材料科目，若取得增值税专用发票可抵扣进项税额。例如某农场购买30,000元肥料并取得9%专票时，会计分录为：
借：原材料—肥料 30,000
借：应交税费—应交增值税(进项税额) 2,700
贷：银行存款 32,700。其次，生产领用阶段需将原材料转入农业生产成本，如种植领用农药时：
借：农业生产成本—农药成本 10,000
贷：原材料—农药 10,000。最后，农产品成熟后需将累计成本结转至库存商品或消耗性生物资产科目。
销售用途的特殊处理需区分商品流通环节。若企业将化肥农药作为商品销售，购入时应直接计入库存商品而非原材料。例如农资经销公司采购农药时：
借：库存商品—农药
贷：银行存款。销售实现时需同步确认收入与成本，涉及主营业务收入和主营业务成本的双向核算，并计提增值税销项税额。
税务处理要点直接影响科目设置。当企业为增值税一般纳税人时，采购环节取得的专票进项税额应单独列示于应交税费科目。但对于免税农产品销售或合作社内部交易，需注意增值税免税政策对科目核算的影响。例如农村合作社向社员销售农药时，无论是否免税均需贷记其他业务收入科目。
特殊农业主体的核算差异主要体现在科目设置层级。合作社和农场常使用生产性生物资产和消耗性生物资产科目进行成本归集，这与普通农业企业的农业生产成本科目存在核算口径差异。例如果树培育费用应借记生产性生物资产—生长期，待成熟后转为生产性生物资产—成熟期科目。
