水运企业涉及的费用核算具有行业特殊性，其核心在于区分运输业务直接费用、非通航期维护费用及与运输无关的支出。根据《水运企业会计核算办法》，费用需按船舶类型、航次周期和业务性质进行分类归集。这里需特别注意营运成本与期间费用的划分标准，以及预估入账与实际结算的差异调整机制。
对于日常运输费用的处理，需按航次归集原则核算。当发生燃料费、港口费等直接支出时：借：运输支出——××船——××航次
贷：燃料/应付账款/银行存款
若涉及增值税进项税额，需单独列示应交税费——应交增值税（进项税额）科目。船舶在营运期间若发生洪水或水利工程导致的断航费用，应通过营业外支出核算，这与普通企业将非主营业务水费计入管理费用存在显著差异。
非通航期的特殊处理需重点关注。封冻、枯水期发生的船舶维护费用应通过船舶维护费用科目归集：借：船舶维护费用
贷：燃料/应付工资/累计折旧
这与工业企业将生产相关水费计入制造费用的处理逻辑相似，但核算科目具有行业特性。值得注意的是，若船舶临时从事救援、出租等非运输活动，其费用需按营运吨天比例从运输成本中扣除：借：其他业务支出
贷：运输支出——××船——××航次
在会计期末需完成三项关键操作：
- 预估未达支出处理：对已完航次但未收到结算单据的费用，按历史数据预估入账
借：运输支出——××船——××航次
贷：已完航次未达支出 - 实际结算调整：单据到达时先用红字冲回预估，再按实际金额重新入账
- 跨年度差异调整：若结算发生在决算后，需通过以前年度运输支出科目追溯调整
资产负债表列报时需注意：海洋运输企业的运输支出借方余额应并入存货项目反映，这区别于内河运输企业直接结转本年利润的处理方式。实务中还需建立多维度辅助核算体系，包括船舶编号、费用类型、成本中心等维度，以满足航运业特有的精细化管理需求。
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