财政资金退回的会计处理需要根据资金性质、退回时间及项目进度进行区分。根据《政府会计准则制度解释第5号》规定，当已支付的财政资金发生退回时，需分别在财务会计和预算会计中采用差异化的科目核算。这种处理方式既遵循权责发生制与收付实现制的双重基础，又能准确反映财政资金流向的追溯调整特性。
对于当年资金退回，若支付时使用的是本年度预算指标，财务会计需借记财政拨款收入科目，预算会计则借记财政拨款预算收入科目。例如，某单位因采购合同取消退回50万元本年度预算资金，会计分录应为：借：财政拨款收入
贷：业务活动费用
同时预算会计处理：借：财政拨款预算收入
贷：行政支出
若退回资金原使用以前年度预算指标，则财务会计科目替换为财政应返还额度，预算会计对应资金结存——财政应返还额度。
涉及跨年度资金退回且项目未结束时，财务会计需通过以前年度盈余调整科目追溯核算。假设某科研项目跨年退回30万元，其分录为：借：财政应返还额度
贷：以前年度盈余调整
预算会计则需调整结转类科目：借：资金结存——财政应返还额度
贷：财政拨款结转——年初余额调整
这种处理有效区分了历史成本调整与预算执行修正的差异。
当发生结余资金上缴时，账务处理需体现预算结余的核销过程。例如项目结束后将80万元结余资金缴回国库，财务会计应：借：累计盈余
贷：银行存款
预算会计同步处理：借：财政拨款结余——归集上缴
贷：资金结存——货币资金
该流程严格遵循结余资金归集管理要求，确保财政资金完整性。
特别需要注意的是，若单位存在零余额账户划转资金的情形，划转至实有资金账户时需同步调整预算会计中的资金结存科目。例如从零余额账户划拨20万元至基本户：借：银行存款
贷：财政拨款收入
预算会计处理：借：资金结存——货币资金
贷：财政拨款预算收入
这种处理实现了预算指标转化与资金形态转换的双重记录。
