免税发票的进项税处理需根据纳税人类型及业务场景采取不同方式。对于小规模纳税人，由于采用简易计税方法，其取得的免税发票无需核算进项税额，相关成本直接全额入账。例如采购免税商品支付10,000元时，会计分录为借：库存商品10,000；贷：银行存款10,000。而一般纳税人需特别注意税务规则，当采购用于免税项目的货物或服务时，已认证的进项税额需通过进项税额转出科目调整，确保增值税核算链条完整性。
对于直接用于免税项目的采购业务，若取得增值税专用发票，需区分两种情况：
- 已抵扣进项税额的情况：需将已认证的税额转出借：主营业务成本（或相关成本科目）贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）例如企业购进20,000元图书用于免税零售，若前期已抵扣进项税额，需转出2,600元（按13%税率计算）
- 未抵扣进项税额的情况：直接将价税合计计入成本借：库存商品贷：银行存款如网页3中销售免税图书的案例，2万元采购款全额计入库存商品。
在出口退税场景下，处理流程更为复杂：
- 生产企业执行免抵退税时，需计算免抵退税额和不得免征抵扣税额
- 外贸企业则根据采购发票金额计算应退税额例如外贸企业出口货物采购价80,000元，进项税额10,400元，出口后退税分录为：借：其他应收款——出口退税10,400贷：应交税费——应交增值税（出口退税）10,400此过程中需注意，出口货物对应的进项税额需从应交税费中转出至应收款项科目。
当企业无法准确区分进项用途时，需按免税收入占比进行分摊。计算公式为：转出进项税额=无法区分用途的进项税额×（免税收入/全部收入）例如某企业月度总进项税50,000元，免税收入占比30%，则需转出15,000元进项税额。该处理方式既符合税法要求，又能保持会计核算的合理性，避免因抵扣不当引发的税务风险。
特殊行业的处理规则需特别关注，例如：
- 农产品收购可按照买价9%计算抵扣如网页3案例中，购进10,000元免税农产品可抵扣900元进项税借：原材料9,100借：应交税费——应交增值税（进项税额）900贷：银行存款10,000
- 政府补助类免税项目需通过其他收益科目核算免税额如网页4中饲料企业销售免税产品30万元，按9%税率计提27,000元免税额：借：应交税费——应交增值税（减免税款）27,000贷：其他收益27,000
实务操作中还需注意三个核心要点：首先，免税项目对应的成本票据必须完整留存备查；其次，出口退税申报需与会计处理保持时序一致性；最后，对于混合经营业务，建议建立完善的进项税额备查台账。这些措施既能确保税务合规，又能提升企业财务管理效率。
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