事业单位在存货管理过程中涉及事业支出的会计处理具有特殊性，需根据《政府会计准则》及预算管理体系要求进行操作。存货的取得、领用、处置等环节均需通过双分录模式兼顾财务会计与预算会计的双重核算需求，其中零余额账户用款额度和非流动资产基金等科目是关键载体。下文将从不同业务场景展开具体分析。
在购入存货时，若通过财政直接支付方式，财务会计需借记存货科目，贷记财政补助收入；预算会计则需借记事业支出，贷记财政拨款预算收入。若属于增值税一般纳税人购入非自用材料，需单独核算进项税额，借记应缴税费——应缴增值税（进项税额）。对于随买随用的零星办公用品，可直接借记事业支出，无需通过存货科目核算。
领用存货的会计处理需区分用途：
- 用于专业业务活动：
借：事业支出
贷：存货 - 用于经营活动：
借：经营支出
贷：存货 - 用于捐赠或无偿调拨：
需先转入待处置资产损溢科目，核销时借记其他支出。特殊情况下，涉及增值税进项税额转出的，需同步贷记应缴税费——应缴增值税（进项税额转出）。
存货清查涉及以下特殊处理：
- 盘盈时按重置成本或评估价值：
借：存货
贷：其他收入 - 盘亏报批前：
借：待处置资产损溢
贷：存货 - 批准核销后：
借：其他支出
贷：待处置资产损溢
若涉及非正常损耗，相关税费应计入其他支出科目。
对于自制存货的成本归集，需通过加工物品科目分阶段核算：
- 领用材料：
借：加工物品——直接材料
贷：库存物品 - 发生人工费用：
借：加工物品——直接人工
贷：应付职工薪酬 - 分配间接费用：
借：加工物品——间接费用
贷：固定资产累计折旧等科目
完工验收入库时，按实际成本转入库存物品科目。
在预算管理层面需特别注意：若当期购入存货未完全领用，会导致财政补助收入与事业支出存在差额，进而虚增财政补助结转余额。实务中可通过设置备查簿记录实物数量，或在年度终了时对未耗用存货进行预算会计调整分录，确保收支匹配。
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