当关联企业之间发生代发工资行为时，账务处理需根据独立核算与非独立核算两种模式采取不同方法。这类业务常见于总公司与分公司之间，或存在控股关系的企业集团内部。由于工资发放主体与劳动关系主体分离，会计处理需通过特定往来科目衔接，同时确保应付职工薪酬的准确核算及税费合规申报。
针对独立核算的分支机构，双方需建立清晰的往来账目体系。总公司代发工资时，会计分录需体现资金划拨与费用归属关系：
- 总公司支付时
借：其他应收款-XX分公司
贷：银行存款
此分录确认资金垫付关系，形成对分公司的债权记录。 - 分公司账务处理
- 计提工资费用
借：管理费用/销售费用
贷：应付职工薪酬-工资 - 确认代发工资债务转移
借：应付职工薪酬-工资
贷：其他应付款-总公司
该流程既完成费用计提，又实现代付资金与应付薪酬的匹配。
- 计提工资费用
对于非独立核算机构，所有账务由母公司统一处理。工资费用直接计入对应部门的辅助核算项目：
- 母公司账务处理
借：管理费用-工资（XX部门辅助核算）
贷：应付职工薪酬-XX分公司 - 实际发放时
借：应付职工薪酬-XX分公司
贷：银行存款
此模式下，费用归属通过部门或项目辅助核算实现，无需单独建立分支机构账簿。
税费处理需特别注意权责归属原则。即使工资由其他公司代发，社保缴纳及个税扣缴义务仍由实际用人主体承担。具体操作包含：
- 代扣个人所得税时
借：应付职工薪酬-工资
贷：应交税费-应交个人所得税 - 实际申报缴纳时
借：应交税费-应交个人所得税
贷：银行存款
该流程确保纳税主体与申报主体的一致性，避免税务风险。
内部往来清算需建立定期对账机制。对于独立核算主体，月末应核对双方往来科目余额：
- 总公司将"其他应收款-分公司"与分公司的"其他应付款-总公司"进行冲抵
借：其他应付款-总公司（分公司账）
贷：其他应收款-分公司（总公司账） - 余额差异需查明原因并调整，可能涉及资金占用费或账务差错更正
这种处理方式既保持账务勾稽关系，又能及时揭示资金管理问题。
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