财政专用资金的会计处理遵循专款专用原则，需根据资金性质、用途限制及会计准则要求进行规范核算。这类资金通常涉及专项应付款、资本公积和递延收益等科目，处理不当可能引发税务风险或合规问题。其核心在于准确区分资金用途是否受限，并在收付款环节建立清晰的资金流向追溯机制。下面从接收、使用及后续处理三阶段展开分析。
接收财政专用资金时，企业应根据资金来源性质选择科目。若资金有严格用途限制（如指定用于偿还债务或研发项目），应通过专项应付款核算：
借：银行存款
贷：专项应付款。例如某企业收到5000万元政府化债资金用于偿还某信托债务，需全额计入专项应付款。若资金无特定用途限制且属于无偿取得，则按政府补助处理，根据用途选择计入递延收益或营业外收入。
资金使用阶段需严格对应项目支出。形成资产的支出（如购买设备），需结转至资产科目并调整权益：
借：固定资产/无形资产
贷：银行存款
同时结转专项应付款：
借：专项应付款
贷：资本公积——拨款转入。若资金用于费用化支出（如偿还债务），则需同步核销负债：
借：长期借款
贷：银行存款
借：专项应付款
贷：资本公积。未形成资产的支出核销需经审批后冲减专项应付款，涉及借：专项应付款；贷：管理费用等科目。
后续处理需关注税务合规性。根据财税〔2011〕70号文，满足以下条件的资金可作不征税收入：存在专项用途拨付文件、单独核算资金收支、符合财政部门管理要求。否则需全额计入应税收入缴纳企业所得税。例如某企业将3388万元未申报的财政资金直接计入损益，被税务机关调增应纳税所得额。结余资金上交时，需通过借：专项应付款；贷：银行存款完成清算。
常见误区包括混淆专项应付款与政府补助的处理逻辑。若将限定用途资金错误计入营业外收入，可能面临资金追回风险及税务处罚。实务中建议建立资金用途审批制度，保存拨款文件、银行流水及支出凭证，并在报表附注中披露资金使用进展，确保审计核查时有完整证据链支持。
