国库集中支付制度改革构建了以财政直接支付和财政授权支付为核心的资金管理体系，其会计核算贯穿预算单位、财政部门和代理银行的资金流转全过程。这种支付模式通过零余额账户实现资金清算，在会计处理上要求预算单位、财政总预算会计和支付中心建立对应核算机制，涉及待报解预算收入、财政应返还额度等特殊科目，以及权责发生制与收付实现制的衔接运用。下文将从基础核算、特殊场景、年终结转三个维度展开具体分录解析。
在财政直接支付场景下，预算单位依据《财政直接支付入账通知书》确认支出。当财政部门将款项直接支付给供应商时，行政单位借记经费支出贷记财政拨款收入，事业单位则借记事业支出贷记财政补助收入。例如支付设备采购款时，会计分录为：借：经费支出-项目支出-专用设备购置费
贷：财政拨款收入-直接支付
同时新增固定资产需同步登记：
借：固定资产
贷：固定基金
财政授权支付涉及三个关键环节：①额度下达时，预算单位根据《财政授权支付额度到账通知书》借记零余额账户用款额度，贷记财政拨款收入/补助收入；②实际支付时借记支出类科目，贷记该额度账户；③现金提现需通过过渡科目处理。典型操作流程如下：
- 收到月度授权额度：
借：零余额账户用款额度
贷：财政拨款收入-授权支付 - 支付办公费用：
借：经费支出-基本支出-办公费
贷：零余额账户用款额度 - 提取备用金：
借：库存现金
贷：零余额账户用款额度
年终结转处理需区分未使用额度和预算指标结余。对于当年未使用的授权支付额度，预算单位应借记财政应返还额度贷记零余额账户用款额度；若存在未下达的预算指标，还需确认应收额度。具体包括：
- 注销已下达未使用额度：
借：财政应返还额度-授权支付
贷：零余额账户用款额度 - 确认未下达指标：
借：财政应返还额度-授权支付
贷：财政补助收入
次年恢复额度时作反向分录，实际支出时再冲减财政应返还额度科目。
特殊业务场景如工资统发需分步核算：先计提应付职工薪酬，实际发放时冲减该科目并确认收入。代扣社保公积金时若资金直接划转，应通过其他应收款核算与财政部门的资金往来。错账更正业务则需红字冲回原分录，重新登记正确账务，确保预算支出登记簿与会计记录的一致性。
预算单位还应注意暂存款和暂付款科目在结余资金处理中的运用。当年核准的预算结余通过权责发生制挂账，次年实际支付时冲销挂账。财政总预算会计需同步登记已结报支出和财政零余额账户存款科目，实现国库单一账户与零余额账户的日终清零。这种多主体联动的核算体系，有效实现了预算执行全过程的动态监控。
