合肥工业大学制药工程专业自 1997 年创办，是国内较早招收该专业本科生的高校之一。2009 年成为国家级特色专业，2012 年首批通过全国工程教育专业认证，有效期 6 年，2018 年成功复认证。2013 年获批“卓越工程师计划”，2019 年入选国家级一流本科专业建设点。
一、专业成果自 2011 年起，该专业参加全国大学生制药工程设计竞赛成绩优异。其师资力量强大，主编或参编 10 多部教材，涵盖国家级规划教材与精品教材，还主持众多国家级、省级及横向科研项目。如今，是制药工程类课程教学师资培训主要承担单位。
二、培养目标按照“厚基础、宽口径、重实践、有特色”模式，契合现代制药工业需求培养人才。毕业生要具备化学、药学、工程学多学科交叉理论基础，有获取和应用制药工程知识及解决实际工程问题的能力，能在制药及相关领域从事多种工作。
三、就业方向制药工程专业融合多领域知识，毕业生出路宽广。可以在药品生产、GMP 工程设计等方面工作，也能从事新药研制、企业管理。还可从事药品监督管理、药品质量检验、医药营销。当然，也能攻读更高学位，该专业毕业生一次就业率近年来近乎 100%。
四、学制学位本科学制四年，毕业授予工学学士学位。
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