码头费用的会计处理需结合业务实质和费用属性进行判断，其核心在于区分主营业务成本、管理费用和收入类科目的适用场景。根据港口费用的不同类型，企业可能涉及货物装卸、港口维护、代收规费等场景，需通过会计科目准确反映经济活动的实质。
对于常规码头业务产生的费用，例如报关费、THC（吨税）、掏箱费等，应计入主营业务成本——港杂费科目。这类费用属于出口或进口业务中直接相关的必要支出，通过借：主营业务成本——港杂费，贷：银行存款/现金的分录实现核算。若涉及港口建设费等公共设施维护类费用，则需归入管理费用科目，分录为借：管理费用——港口建设费，贷：银行存款。这种分类依据在于费用是否与日常经营活动直接相关。
当企业作为代收方处理货物港务费时，需采用总额法确认收入。根据《水运企业会计核算办法》，代收款项应全额计入港务管理收入，上缴部分作为主营业务成本。例如收到客户港务费时，分录为借：银行存款，贷：港务管理收入；上缴管理机构时则借：主营业务成本——港务管理成本，贷：银行存款。返还的50%款项若属于业务对价，需按权责发生制确认收入；若属于政府补助，则按收付实现制计入其他收益。
对于码头超期费或停靠费，需区分业务环节。若为销售环节产生的费用（如货物装卸后停靠），应计入销售费用；若为采购环节的停靠接货费用，则需资本化至库存商品或原材料成本。例如支付购进环节停靠费时，分录为借：库存商品，贷：银行存款；销售环节则通过借：销售费用，贷：银行存款处理。
税务处理方面需特别注意增值税影响。营改增后，代收港务费需开具增值税发票并全额确认收入，上缴时取得进项税发票可抵扣。例如某公司代收100万元港务费，开具发票时借：银行存款100万，贷：港务管理收入88.5万，应交税费——应交增值税（销项税额）11.5万；上缴50万时借：主营业务成本44.25万，应交税费——应交增值税（进项税额）5.75万，贷：银行存款50万。
实务操作中需重点关注三个原则：一是费用与业务匹配性，避免将资本性支出计入损益；二是代收款项的权责归属，采用总额法或净额法需有明确依据；三是政府补助的认定标准，需结合资金用途和返还条件判断是否适用收付实现制。企业应定期核查费用性质，必要时通过会计差错更正调整科目归属，确保符合《企业会计准则第14号——收入》和《企业会计准则第16号——政府补助》的要求。
