政府单位在结余资金上缴国库的会计处理涉及预算管理与财务核算的双重维度。根据《政府会计准则制度解释第5号》，中央预算单位需区分不同场景进行账务处理，具体包括项目结余上缴、年末结转额度调整以及新旧制度衔接等情形。这类业务需严格遵循双基础、双分录核算要求，同时在财务会计和预算会计中同步反映资金流动与权益变动。
主动上缴结余资金时，若因项目结束或财政收回资金，通过实有资金账户统一划转，财务会计需核减累计盈余与银行存款，预算会计则调整财政拨款结余与资金结存。具体分录为：借：累计盈余
贷：银行存款
借：财政拨款结余——归集上缴
贷：资金结存——货币资金
该处理体现了权责发生制与收付实现制的联动，确保预算执行与财务核算的一致性。
年末额度结转环节，中央预算单位需根据批准的预算指标差额确认财政应返还额度。若本年度预算指标数大于实际支付数，会计分录为：借：财政应返还额度
贷：财政拨款收入
借：资金结存——财政应返还额度
贷：财政拨款预算收入
这一处理需注意地域差异：市县级单位若执行财政国库集中支付结余不再按权责发生制列支政策，则无需进行上述年末调整。
资金退回再上缴的情形需区分时间节点。若以前年度支付的资金因审计清退等原因退回实有账户，单位应通过以前年度盈余调整科目追溯处理：
- 财务会计调整：
借：以前年度盈余调整
贷：银行存款（或零余额账户用款额度） - 预算会计调整：
借：资金结存——货币资金
贷：财政拨款结转——年初余额调整
此类业务需同步更新财政拨款结转科目，反映存量资金回收的合规路径。
新旧制度衔接过程中，预算单位注销原零余额账户用款额度时，需根据资金属性选择对应科目：
- 本年度预算指标：
借：财政拨款收入
贷：零余额账户用款额度 - 以前年度预算指标：
借：财政应返还额度
贷：零余额账户用款额度
预算会计同步冲减资金结存相关明细科目，确保预算管理一体化过渡期账务衔接的准确性。
实务操作中还需关注三类特殊事项：
- 专用基金划转：事业单位从非财政拨款结余提取专用基金时，需通过专用结余科目核算，上缴时按一般结余处理规则执行；
- 税务手续费处理：代征税款手续费收入需计入其他收入与其他预算收入，与结余上缴业务区分核算；
- 跨年度差错更正：涉及以前年度结余调整的，需通过财政拨款结转——年初余额调整明细科目追溯，避免影响当期预算执行率。
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