在政府会计制度下，预算结余的核算是基于收付实现制的核心逻辑，其本质是反映预算资金的实际收支差额。与财务会计的累计盈余不同，预算结余仅关注纳入预算管理的资金流动，通过财政拨款结转和非财政拨款结转两类科目体系实现精细化管理。由于预算会计与财务会计存在核算基础和范围的差异，预算结余的会计分录需要严格遵循平行记账原则，同时关注资金流动的完整性和合规性。
对于财政拨款结转结余的处理，核心流程包括年末结转、资金调拨和差错调整。以财政拨款结转为例，年末需将当年收支转入结转科目：
借：财政拨款收入
贷：财政拨款结转——本年收支结转
同时将支出科目反向结转：
借：财政拨款结转——本年收支结转
贷：事业支出（财政拨款支出）等
若涉及跨单位资金调入，预算会计需记录资金结存变动：
借：资金结存——零余额账户用款额度
贷：财政拨款结转——归集调入
财务会计则对应调整累计盈余：
借：零余额账户用款额度
贷：累计盈余
非财政拨款结转结余的处理更复杂，需区分专项资金和经营资金。例如非财政科研项目提取间接费用时，预算会计需将预算收入划转至结余科目：
借：非财政拨款结转——项目间接费用
贷：非财政拨款结余——项目间接费用
财务会计需同步计提费用：
借：单位管理费用
贷：预提费用——项目间接费用
对于预收下年度资金这类暂时性差异，预算会计按实际到账金额确认收入：
借：资金结存——货币资金
贷：财政拨款预算收入
而财务会计需通过预收账款科目过渡，待实际使用时再转为收入。
在实务操作中需特别注意两类调整场景：一是会计差错更正时，预算会计通过财政拨款结转——年初余额调整科目修正历史数据，财务会计对应调整以前年度盈余调整；二是长期资产形成的半永久性差异，如固定资产采购全额计入预算支出，但财务会计需通过折旧分期确认费用。这种差异需在资产使用周期内持续跟踪，并通过本年盈余与预算结余差异表系统披露。
正确处理预算结余的关键在于三点：一是严格区分权责发生制与收付实现制的核算边界，二是规范使用平行记账规则（现金业务双分录、非现金业务单分录），三是定期核对资金结存与银行流水、应收账款等科目。例如预付工程款业务，预算会计在支付时直接确认支出，而财务会计需通过预付账款科目挂账，待工程验收后再分期转费用。这种差异不仅影响当期结余，还会形成跨年度的资金流与业务流错配，需在报表附注中专项说明。
