专项债券到期时的会计处理涉及本金偿还、利息结算以及特殊情形下的资金划转，需根据主体类型和资金流转路径选择对应的核算规则。财政部文件与地方政府会计制度明确了不同场景下的分录方法，包括正常偿付、上级代收垫付、年终扣缴等操作流程。以下将结合会计准则与实务操作，从财政总预算会计、行政事业单位、国有企业三个维度展开具体处理要点。
在财政总预算会计层面，地方政府偿还本级承担的专项债券本金时，需通过债务还本支出科目反映资金流出。根据《地方政府专项债券会计核算问题的通知》（财库91号），会计分录为借：债务还本支出——地方政府债务还本支出——专项债务还本支出，贷：国库存款。若存在上级财政部门代收或垫付情形，需通过暂存款或暂付款科目进行过渡：代收时，上级单位借国库存款，贷暂存款；偿还时反向冲销。对于逾期未缴的债券本息，年终结算扣缴需使用与上级往来科目，并最终转入债务还本支出或基金预算支出。
行政事业单位处理专项债券到期业务时，需区分资金来源与支付方式。根据《政府会计准则第8号—负债》，收到专项债券资金时通过财政拨款收入确认，偿还本金时冲减专项应付款科目。例如，项目单位完成建设后偿还本金的分录为借：专项应付款——地方政府专项债券资金，贷：银行存款。若涉及项目收益上缴，需通过应缴财政款科目核算：收到专项收入时借银行存款，贷应缴财政款；实际上缴时反向处理。
国有企业作为专项债券使用主体，需按照企业会计准则处理到期偿付。根据《关于国有企业承接地方政府专项债券项目会计核算问题的通知》，本金偿还需冲减应付债券科目：借：应付债券——面值，贷：银行存款。若存在利息调整余额，需同步结转差额至财务费用。对于代建项目形成的资产，若无偿划转给政府，需将专项应付款转入资本公积，同时核销对应资产。例如，资产移交时会计分录为借：专项应付款，贷：固定资产/在建工程。
特殊情形下的处理需注意以下三点：一是年终结算扣缴时，省级以下财政部门未按时上缴本金的，需通过暂付款和与上级往来科目挂账，列报支出时转入债务还本支出；二是垫付资金收回需通过往来科目核算，例如上级垫付后收到下级缴款的借国库存款，贷暂付款；三是罚息扣缴需在上解支出科目反映，上级单位对应确认上解收入。这些操作均需在辅助账中详细记录债券期限、利率及偿还情况。
