公司委托第三方代付工资时，会计处理需要兼顾往来款项核算与费用确认原则。这种业务模式下，应付职工薪酬科目承担工资发放的核心核算职能，而其他应收款和其他应付款科目则用于记录代付资金往来。实务操作中需特别注意，代付行为不改变工资费用的归属主体，个人所得税和社保公积金的代扣义务仍由原用人单位承担。
以甲、乙公司代付业务为例，完整的会计处理流程可分为四个关键环节：
委托方（乙公司）费用计提
- 借：管理费用/销售费用/生产成本
- 贷：应付职工薪酬——工资此步骤确认工资费用的归属，根据员工所属部门计入相应成本科目，同时形成对员工的负债。
代付协议执行阶段
- 代付方（甲公司）资金垫付时：借：其他应收款——乙公司贷：银行存款
- 委托方（乙公司）确认代付关系：借：应付职工薪酬——工资贷：其他应付款——甲公司贷：应付职工薪酬——社保/公积金贷：应交税费——应交个人所得税该环节建立资金往来关系，同时拆分应发工资中的代扣代缴项目。特别要注意，社保公积金单位承担部分需另行计提，仅个人承担部分在此环节处理。
资金清算与往来核销
- 乙公司划转代付资金时：借：其他应付款——甲公司贷：银行存款
- 甲公司收到款项时：借：银行存款贷：其他应收款——乙公司此步骤需确保代付资金与实际发放金额的对应关系，差额部分可能涉及手续费等附加费用，需在协议中明确处理方式。
税务处理与凭证管理代付方需保存银行转账凭证和工资发放明细，委托方则需取得代付确认函和完税证明。建筑行业的特殊处理中，总包方通过农民工工资专户代付时，需将代发金额计入合同履约成本，同时注意增值税进项税额的分摊核算。税务处理上，代扣代缴义务人的认定需遵循"支付决定权"原则，即使工资由第三方代发，仍由对薪酬标准有决定权的委托方承担纳税申报责任。
实务操作中要特别注意三个风险点：一是往来科目必须设置明细辅助核算，确保每笔代付资金可追溯；二是工资总额统计需包含代付部分，避免漏报社保缴费基数；三是跨期业务需做好暂估入账处理，在次月取得代付凭证后及时调整。对于集团内代付等特殊场景，还需考虑内部交易抵消等合并报表层面的处理要求。
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