在企业与政府会计实务中，部门归属直接影响着会计科目的选择与费用分摊逻辑。以政府单位为例，业务活动费用和单位管理费用两大科目往往与部门职能直接挂钩：前者核算业务部门开展核心活动产生的支出，后者记录行政管理部门发生的综合费用。例如财政部门通过直接支付方式发放工资时，业务部门人员的薪酬需计入业务活动费用，而行政部门人员薪酬则归属单位管理费用。
对于跨部门协作的业务，需特别注意费用分摊原则。当多个部门共同使用财政授权支付额度采购办公设备时，应根据实际使用部门进行资产归属登记，并在预算会计中按部门预算指标分别核算。这类业务的典型分录结构为：借：固定资产/库存物品（按部门登记资产）；贷：零余额账户用款额度；同时在预算会计中借：行政支出/事业支出（按部门预算）；贷：资金结存科目。
在研发支出核算领域，部门属性直接影响费用归集路径。政府单位自行研发无形资产时，研究阶段支出需全额计入当期费用，但需根据研发部门性质选择科目：若由业务部门主导研发，费用计入业务活动费用；若成立独立研发部门，则通过研发支出—研究支出科目过渡。这种分层处理方式既满足权责发生制要求，又确保成本与部门职能精准匹配。
部门预算执行情况的核算需要建立双分录体系。以财政应返还额度处理为例，年终时未使用的财政直接支付额度需同时记录财务会计和预算会计分录：借：财政应返还额度—财政直接支付；贷：财政拨款收入（财务会计）；借：资金结存—财政应返还额度；贷：财政拨款预算收入（预算会计）。这种处理方式既反映部门预算执行进度，又完整记录资金运动轨迹。
特殊业务场景下的部门费用核算需遵循实质重于形式原则。当发生固定资产跨部门调拨时，调出部门需通过无偿调拨净资产科目核销资产账面价值，调入部门则按评估价值重新入账。这种处理避免了部门间资产转移对整体资产负债表的影响，同时确保各部门资产台账的准确性。对于涉及多个部门的捐赠收入分配，民间非营利组织需建立限定性收入与非限定性收入的明细核算，按捐赠协议约定的部门用途进行专项管理。
