企业在税务自查中发现少缴税款时，需根据税种性质、会计准则及税款所属期间进行差异化的会计处理。自查补税本质是对历史税务核算的修正，需通过科目联动调整实现财务数据与税务申报的一致性。以下从增值税、所得税及其他税种三个维度展开解析，并针对不同会计准则的处理逻辑进行对比说明。
针对增值税自查补缴，需区分税款所属期是否跨年。若补缴当年增值税：借：应交税费——应交增值税
贷：银行存款
若涉及以前年度增值税补缴，则通过以前年度损益调整科目核算：借：以前年度损益调整
贷：应交税费——增值税检查调整
完成税款缴纳后需结转损益：借：利润分配——未分配利润
贷：以前年度损益调整
特殊情况下，若查补增值税源于未计收入，需同步补记主营业务收入及销项税额，此时需通过应收账款或银行存款科目体现资金流向。
企业所得税补缴的处理核心在于会计准则选择。执行企业会计准则的企业需追溯调整：借：以前年度损益调整
贷：应交税费——应交企业所得税
缴款后通过利润分配完成闭环：借：应交税费——应交企业所得税
贷：银行存款
借：利润分配——未分配利润
贷：以前年度损益调整
而采用小企业会计准则的企业则简化处理，直接在当期损益中体现：借：所得税费用
贷：应交税费——应交企业所得税
对于城建税、教育费附加等附加税费补缴，处理逻辑与增值税补缴同步：借：以前年度损益调整（以前年度）或税金及附加（当期）
贷：应交税费——城建税/教育费附加
需特别关注滞纳金与罚款的核算规范。根据税法要求，滞纳金属于不得税前扣除项目：借：营业外支出
贷：银行存款
实务操作中需把握三个要点：首先，科目使用精准性直接影响财务报表真实性，例如增值税查补业务需通过应交税费——增值税检查调整过渡；其次，跨期损益调整必须通过以前年度损益调整科目，避免扭曲当期利润；最后，会计与税务差异需同步处理，例如补记收入时需对应调整成本科目以实现配比原则。
