政府会计与企业会计的核心差异在于双分录体系的运用，即在处理涉及预算管理和财务管理的业务时，需同时编制财务会计分录和预算会计分录。2022年行政事业单位会计科目表明确将会计科目分为财务会计类（资产、负债、净资产、收入、费用）和预算会计类（预算收入、预算支出、预算结余），这种设计源于《政府会计制度》对收付实现制与权责发生制的融合要求。例如财政拨款业务需同步反映资金流动和预算执行情况，这种核算模式为决算报告和财务报告的双重编制奠定基础。
在财政资金收付场景中，财政直接支付和财政授权支付是最常见的两类处理方式：
- 收到财政直接支付入账通知书时，财务会计按用途分类处理：
- 借：业务活动费用/固定资产
贷：财政拨款收入
同时预算会计需记录：借：行政支出/事业支出
贷：财政拨款预算收入
- 借：业务活动费用/固定资产
- 对于财政授权支付，单位需通过"零余额账户用款额度"科目过渡：
- 额度到账时：借：零余额账户用款额度
贷：财政拨款收入
预算会计同步：借：资金结存—零余额账户用款额度
贷：财政拨款预算收入
- 额度到账时：借：零余额账户用款额度
资产类业务的处理凸显政府会计的特殊性。以固定资产处置为例：
- 出售固定资产时需同时核销资产价值和记录收支：借：资产处置费用
贷：固定资产（账面价值）
取得处置收入则通过：借：银行存款
贷：应缴财政款 - 无偿调拨资产需通过"无偿调拨净资产"科目过渡：借：固定资产累计折旧
借：无偿调拨净资产
贷：固定资产
预算外资金管理体现着严格的财政纪律。当单位代收应缴财政专户款时：
- 收取时：借：银行存款
贷：应缴财政专户款 - 上缴财政专户后转为预算外收入：借：应缴财政专户款
贷：预算外资金收入年终需将此类收入转入"结余"科目，确保预算执行的完整性。
特殊业务处理规则贯穿政府会计全流程。对于科研项目的研发支出：
- 研究阶段支出直接费用化：借：研发支出—研究支出
贷：财政拨款收入 - 开发阶段符合资本化的支出转入无形资产：借：无形资产
贷：研发支出—开发支出这种处理方式既遵循权责发生制原则，又满足预算资金追踪需求。
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