医药制造企业的会计处理既要遵循小企业会计准则的通用要求，又要兼顾行业特殊业务的核算需求。该行业涉及固定资产购置、原材料加工、研发费用归集等复杂流程，同时面临虚开发票、账外经营等涉税风险。通过规范化的账务处理流程和风险防控机制，企业可实现财务合规与税务安全双重目标。
在固定资产采购环节，区分是否需要安装是关键。购置不需要安装的设备时，直接借记固定资产科目，贷记银行存款/应付账款。若涉及安装工程，需通过在建工程科目归集设备购置费和安装费，待设备达到可使用状态后转入固定资产，具体流程为：①购入时借记在建工程，②安装费用追加借记在建工程，③验收合格后借记固定资产并贷记在建工程。这种分阶段核算方式能准确反映资产价值形成过程。
原材料管理遵循"采购-入库-领用"三环节核算。支付货款但未收货时，通过在途物资科目过渡，待验收入库再转入原材料。生产领用时，根据药品类型（如化学制剂、中成药）分别核算，借记生产成本-直接材料，贷记原材料。特别要注意中药材采购需完整记录农户身份信息，防范虚开农产品收购发票风险。
生产成本归集涉及三大要素：①直接材料通过领料单实时核算；②直接人工按生产工人工资借记生产成本-直接人工；③制造费用按车间发生的机物料消耗、管理人员工资等归集后，期末全额结转至生产成本。药品完工入库时，将生产成本各明细科目余额转入库存商品，形成完整的生产成本结转链条。
销售环节需特别注意两票制下的发票合规性。确认收入时同步核算增值税，借记银行存款/应收账款，贷记主营业务收入和应交税费-应交增值税（销项税额）。结转销售成本时，常规药品借记主营业务成本贷记库存商品，而研发药品需通过研发支出科目过渡，体现研发成果转化的特殊处理。
对于研发费用，需区分费用化和资本化支出。日常研发开支借记研发支出-费用化支出，期末转入管理费用；符合资本化条件的支出归集至研发支出-资本化支出，待项目成功后转入无形资产。这种处理既符合会计准则要求，又能享受研发费用加计扣除税收优惠。
涉税风险防控应贯穿全业务流程。在采购环节建立供应商信用审核机制，合同明确发票类型、税率、开票时间等条款。费用报销时重点审核会议费、咨询服务费等高风险项目的真实性，保存完整的交易凭证链。定期开展税务自查，对异常发票及时换开或准备证明材料，必要时配合税务机关检查并提供交易真实性证据。
