医保资金在财政体系内的退回涉及多环节资金流动，其会计处理需要根据资金流转路径和主体性质进行差异化管理。从医保中心退回至财政的全流程中，既涉及财务会计对资金形态变化的记录，也需要通过预算会计反映预算执行调整。特别是行政单位和事业单位的账务处理，需严格区分零余额账户用款额度与资金结存等特殊科目的使用。
针对医保中心退回单位专户的初始环节，财务会计应确认银行存款增加并对应冲减相关负债。此时需编制：借：银行存款 - 专户
贷：应付职工薪酬 - 医保
预算会计则需通过资金结存科目追溯原支出冲减：借：资金结存 - 货币资金 - 专户
贷：行政支出 - 医保（负数冲销）。这一处理既还原了资金形态，也修正了预算执行数据。
当资金从专户转入零余额账户用款额度时，会计处理需体现资金形态转换而非实际支出。财务会计分录应为：借：零余额账户用款额度
贷：银行存款 - 专户
预算会计同步调整资金结存结构：借：资金结存 - 零余额账户用款额度
贷：资金结存 - 货币资金 - 专户。该步骤需特别注意零余额账户的资金流转不涉及实际支付行为，仅改变资金存储方式。
最终将资金退回财政部门时，需通过财政应返还额度科目反映资金权属变化。财务会计处理为：借：财政应返还额度
贷：零余额账户用款额度
预算会计则需调整资金结存结构：借：资金结存 - 财政应返还额度
贷：资金结存 - 零余额账户用款额度。这一处理既终止了单位对资金的使用权，也完成了预算指标回归财政的闭环管理。
对于跨年度退回的特殊情形，需启用以前年度盈余调整科目进行追溯。若退回资金涉及已结转的预算支出，财务会计应作：借：以前年度盈余调整（负数）
贷：其他应收款/银行存款
预算会计则需调整年初结转资金：借：财政拨款结转 - 年初余额调整（负数）
贷：资金结存 - 货币资金（负数）。这种处理确保跨期业务不影响当期预算执行考核。
