在政府会计制度下，工资核算需同步完成财务会计与预算会计的双重处理，这要求财务人员既掌握应付职工薪酬科目体系的设置规则，又要理解财政资金流动在预算会计中的特殊表达方式。实务操作中需重点关注权责发生制与收付实现制的差异，工资发放流程涉及计提、代扣、支付三个阶段，每个环节都需严格区分单位负担与个人承担部分，并在双分录体系中实现数据衔接。
财务会计处理需按照工资结构进行多级科目拆分。以某单位应发工资185万元为例，计提工资时需将基本工资、津贴补贴、绩效工资等拆分至不同明细科目。会计分录表现为：借：业务活动费用/单位管理费用 1,854,702.00元
贷：应付职工薪酬—基本工资 847,358.00元
应付职工薪酬—津贴补贴 411,191.00元
应付职工薪酬—绩效工资 386,563.00元
应付职工薪酬—住房公积金 209,590.00元
此阶段预算会计无需处理，但需在发放时同步完成预算支出登记。
代扣项目处理是工资核算的关键控制点。个人承担的社会保险费、住房公积金和个人所得税需通过借贷对冲实现资金流转。例如代扣个人社保215,296.89元时：借：应付职工薪酬—基本工资 215,296.89元
贷：应付职工薪酬—社会保险费（个人） 215,296.89元
该操作在预算会计中体现为支出科目的冲减，需特别注意零余额账户用款额度与财政拨款收入的对应关系。
实际发放工资需分步完成资金支付与预算登记。财务会计处理需冲减应付职工薪酬并确认财政拨款收入：借：应付职工薪酬—基本工资 277,714.83元
应付职工薪酬—津贴补贴 411,191.00元
贷：财政拨款收入 1,285,058.83元
预算会计则需按支出功能分类同步记账：借：事业支出—基本工资 277,714.83元
事业支出—津贴补贴 411,191.00元
贷：财政拨款预算收入 1,285,058.83元
此环节需保证预算支出金额与实发工资加代扣款项之和相等。
单位负担的社保与公积金需单独计提并支付。例如单位缴纳养老保险350,000元时：借：单位管理费用—社保公积金 350,000元
贷：应付职工薪酬—社会保险费 350,000元
支付时通过零余额账户完成资金划转：借：应付职工薪酬—社会保险费 350,000元
贷：零余额账户用款额度 350,000元
预算会计需按资金性质登记事业支出—机关事业单位基本养老保险缴费。
预算会计的特殊处理规则体现在三个方面：一是支出确认时点以资金实际支付为准；二是需将财政拨款资金按功能科目拆分至三级明细；三是年末需将预算支出结转至财政拨款结转科目。例如缴纳住房公积金时：借：事业支出—住房公积金 209,590.00元
贷：资金结存 209,590.00元
该处理方式确保了预算执行情况的清晰反映。
实务操作中需特别注意三个风险点：一是应付职工薪酬科目余额需与预算会计的支出累计数定期核对；二是代扣项目的资金流转路径必须完整，避免出现应缴未缴风险；三是绩效工资发放必须与考核结果挂钩，不可平均分配。建议每月编制工资核算对账表，将财务会计的应付职工薪酬各明细科目余额与预算会计的事业支出明细进行交叉验证，确保双体系数据一致性。
