随着疫情防控资金使用场景的多样化，财务核算需要根据资金性质和使用主体进行精准区分。防疫保障金主要包含财政拨款、社会捐赠、企业专项补助三类来源，每类资金在会计处理中需遵循不同的科目设置规则与核算流程，其核心在于区分资金用途是否形成资产、是否属于专项资金性质，以及是否涉及权益类科目结转。
对于财政专项拨款的核算需注意收支匹配原则。当单位收到同级财政部门拨付的防疫经费时，政府会计体系要求同时进行财务会计与预算会计处理。例如某卫健委收到20万元财政直接拨款购买口罩时：借：库存物资—n95口罩 200,000
贷：财政拨款收入 200,000
同时在预算会计中需同步记录：借：行政支出—项目支出—疫情防控 200,000
贷：财政拨款预算收入 200,000。若资金用于形成固定资产，村级组织需通过专项应付款科目进行结转，购置仪器时：借：固定资产 50,000
贷：银行存款 50,000
后续结转专项资金：借：专项应付款—疫情防控 50,000
贷：公积公益金 50,000。
社会捐赠物资的核算关键在于权责确认时点。驻村企业捐赠消毒液入库时，村级组织直接增加权益类科目：借：库存物资—消毒液 30,000
贷：公积公益金 30,000。而行政事业单位接收捐赠需注意，若物资用于免费发放，预算会计可不做处理，但需建立物资台账备查。当企业将捐赠物资用于公益性支出时，应通过营业外支出科目核算，例如捐赠库存口罩：借：营业外支出—捐赠
贷：库存商品
贷：应交税费—应交增值税（销项税额）。
企业防疫补助的会计处理需区分资金用途。收到政府补助时采用递延收益分期确认：借：银行存款
贷：递延收益
实际用于费用支出时：借：递延收益
贷：其他收益/营业外收入。若企业将补助发放给员工作为福利，需通过应付职工薪酬科目归集：借：管理费用—福利费
贷：应付职工薪酬—福利费
实际支付时：借：应付职工薪酬—福利费
贷：银行存款。值得注意的是，企业购买防疫物资若取得增值税专用发票，符合条件的进项税额可抵扣，例如购置医用口罩：借：管理费用—劳保费 10,000
借：应交税费—应交增值税（进项税额）1,300
贷：银行存款 11,300。
特殊场景下还存在资金归垫与权益性结转操作。当单位使用实有资金垫付防疫支出后收到财政回补时，需分步处理：垫付阶段通过其他应收款挂账，归垫时冲减往来并确认收入。例如街道垫付5万元防疫费后收到财政拨款：垫付时：借：其他应收款—疫情防控 50,000
贷：银行存款 50,000
收到归垫资金时：借：银行存款 50,000
贷：零余额账户用款额度 50,000
同时结转费用：借：业务活动费用 50,000
贷：其他应收款—疫情防控 50,000。这类操作要求预算会计仅在财政资金收支环节记录，避免重复计列支出。
