农产品收购业务的会计处理需兼顾交易实质与税法合规性。当企业已完成小麦收购款项支付但尚未开具收购发票，或货物处于运输途中时，需通过暂估入账方式反映经济业务，并根据发票取得情况调整科目。这一过程中，库存商品或原材料科目需准确归集成本，应交税费科目则需动态反映可抵扣的进项税额。
针对已付款但未取得发票的情况，需分阶段处理。假设企业通过银行转账支付农户小麦收购款10万元，但发票尚未开具，此时应根据实际收货状态选择科目：
- 若小麦已验收入库但发票未到：借：原材料—小麦（暂估） 100,000元
贷：银行存款 100,000元 - 若小麦尚在运输途中：借：在途物资—小麦 100,000元
贷：银行存款 100,000元
此阶段暂估金额以合同或协议价为基础，后续需根据实际发票金额调整。
取得收购发票后需进行账务修正。假设最终发票金额为12万元（含可抵扣的9%进项税额），则需先红冲原暂估分录：借：原材料—小麦（暂估） -100,000元
贷：银行存款 -100,000元
再按发票金额重新入账：借：原材料—小麦 110,000元
借：应交税费—应交增值税（进项税额） 10,000元（120,000×9%÷1.09）
贷：银行存款 120,000元
此处需注意，农产品进项税额计算需按买价扣除率换算，且发票金额需区分含税价与不含税价。
若企业为小规模纳税人或未取得合规抵扣凭证，则需将全部金额计入成本：借：原材料—小麦 120,000元
贷：银行存款 120,000元
此时无法确认进项税额，需在所得税汇算时注意成本扣除限额。
对于管理性差异调整，例如发票金额与暂估金额存在差异，需根据原因分类处理。若因市场价格波动导致差异，直接调整存货成本；若涉及未开票差额部分（如农户实际交付量超出开票量），需将差额部分计入成本但不予抵扣所得税。例如收购小麦15,000元但仅开具12,000元发票，则：借：原材料—小麦 13,920元（12,000×91%）
借：应交税费—待认证进项税额 1,080元（12,000×9%）
借：原材料—小麦 3,000元（未开票部分）
贷：银行存款 15,000元
此处理下，3,000元因缺乏合法凭证，在所得税前不得扣除。
实务中还需关注跨期调整风险。若发票在次月取得，需在增值税申报表中通过“待认证进项税额”过渡，待认证后再转入“进项税额”栏次。同时，对于因自然灾害或管理不善造成的存货损失，需转出已抵扣进项税额。例如损失暂估成本4,550元的小麦：借：管理费用 5,000元
贷：原材料—小麦 4,550元
贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出） 450元
此处需按成本还原法计算损失价值（4,550÷91%），确保进项转出金额的准确性。
