内蒙古医科大学的制药工程专业自2000年设立以来，依托学校医学学科优势与内蒙古自治区医药产业需求，构建了以化学制药为核心的专业体系。该专业注重工学与药学交叉融合，通过基础理论教育与实践能力培养，形成"产教研用"协同育人模式，2020年获批省级一流专业建设点，在自治区同类专业排名中位居前列。
课程体系采用"三位一体"培养架构：基础课程突出无机化学、有机化学、物理化学等化学学科基础，专业核心课程涵盖药物化学、药剂学、制药工艺学等应用型内容，实践教学通过制药工程基础实验、生产实习、药物合成反应实训实现技能转化。特别设置计算机应用及上机模块，强化工程软件操作能力，课程设计中引入制药设备与车间设计等工程实践项目，使学生掌握从实验室研发到工业化生产的全流程技术。
实践创新能力培养形成"四阶递进"模式：基础实验阶段完成药物分析检测技能训练，专业实验阶段开展化学制药与中药制药双轨制项目，生产实习阶段进入齐鲁制药等合作企业进行GMP车间实操，毕业设计阶段实施新药开发或工艺改进课题。专业建有自治区级工程研究中心2个，拥有超高效液相仪、高分辨质谱仪等总值超2000万元的设备，近五年承担国家自然科学基金项目17项，科研成果转化应用10余项。
就业发展呈现"双高"特征：近三年考研率保持45%以上，升学方向涵盖中国科学院、中国药科大学等顶尖院校；直接就业率超98%，主要进入恒瑞医药等企业从事药物研发、生产工艺优化等工作。专业实施校企双导师制，与赤峰天奇药业等10余家企业共建现代产业学院，毕业生在药品生产质量管理、制药过程安全环保等领域展现突出竞争力。值得注意的是，该专业专业对口率超80%，反映出培养方案与行业需求的高度契合。
师资队伍具备"三高优势"：52名专任教师中博士占比71%，形成以国家万人计划领军人才为核心的学术梯队，10余名教师担任自治区科技特派员服务30余家药企。教学团队近五年获省级教学成果奖4项，开发自治区一流课程2门，在药物递送系统、CO₂资源化制药技术等前沿领域形成研究特色，通过分子识别与组装技术开发的新型药物载体已应用于临床。
