存货丢失的会计处理需根据具体原因选择对应科目和流程，核心在于区分正常损耗与非正常损失，以及明确是否涉及进项税额转出。企业需通过待处理财产损溢科目作为过渡，并根据管理权限审批结果将损失分摊至管理费用、营业外支出或向责任人追偿。整个过程需严格遵循会计准则和税法规定，尤其注意增值税进项税处理的合规性。
一、初始核算与过渡科目处理
发现存货丢失时，需通过待处理财产损溢科目进行核算：借：待处理财产损溢
贷：原材料/库存商品
同时，若属于非正常损失（如管理不善导致的盗窃或霉变），需转出已抵扣的增值税进项税额：借：待处理财产损溢
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）。该步骤不适用于自然灾害等非管理原因造成的损失。
二、责任认定与损失分摊
根据审批结果，按以下三类情况处理：
责任人赔偿
若明确责任人需承担赔偿：借：其他应收款
贷：待处理财产损溢
收到赔款时：借：银行存款
贷：其他应收款。正常损耗或管理失误
包含定额内合理损耗或日常管理疏漏（如计量差错）：借：管理费用
贷：待处理财产损溢。此类损失通常无需转出进项税，但需确保属于生产经营中的合理损耗。非正常损失
分为两种处理方式：
- 自然灾害损失：全额计入营业外支出
借：营业外支出
贷：待处理财产损溢。 - 管理不善损失：扣除保险赔偿后余额计入管理费用
借：管理费用
贷：待处理财产损溢。
三、税务处理与证据留存
存货损失需在企业所得税税前扣除时提供充分证据：
- 正常损失需准备存货成本凭证、核销说明；
- 非正常损失需补充公安机关报案记录、技术鉴定报告等。
增值税层面，非正常损失对应的进项税必须转出，而自然灾害损失允许保留抵扣资格。
四、特殊场景补充说明
残值收入处理
若报废存货取得残值收入：
借：银行存款
贷：其他业务收入
借：其他业务成本
贷：待处理财产损溢。存货跌价准备计提
根据谨慎性原则，期末可计提存货跌价准备，但税法不认可该科目，需在汇算清缴时进行纳税调整。
通过上述分层处理，企业既能实现账务合规性，又能满足税务申报要求。实务中需特别注意损失性质判定和证据链完整性，避免因资料缺失导致税务风险。
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