企业在处理工程余款支付时，需根据业务场景选择对应的会计科目。对于外包工程业务，核心涉及在建工程和预付账款两类资产类科目。若工程款采取分阶段支付方式，需特别注意预付款项与尾款结算的衔接处理，这对准确反映企业资金流向和工程成本归集至关重要。
当企业直接支付工程余款时，应通过在建工程科目核算。这种场景常见于未设置预付款机制的工程项目，或工程进度款已按合同约定完成结算。此时会计分录为：
借：在建工程
贷：银行存款
该处理方式直接将工程支出纳入固定资产构建成本，符合《企业会计准则第4号——固定资产》对资本化支出的界定。需要注意的是，若工程属于自营模式（企业自行采购材料施工），还应同步核算工程物资领用等配套分录。
对于采取预付款结算方式的工程，会计处理需分阶段记录。首次支付预付款时：
借：预付账款——某单位
贷：银行存款
待工程验收后支付余款时，继续冲减预付科目：
借：预付账款——某单位
贷：银行存款
这种"两次同科目处理"的操作逻辑在于：预付款本身属于债权性资产，最终结算时需将全部预付金额转入在建工程成本。实际操作中需注意，期末预付账款若出现贷方余额，应重分类至应付账款列报。
从科目属性角度看，预付账款作为过渡性科目具有双重特征：借方余额反映企业预付的工程款项，属于流动资产；贷方余额则转化为应付未付债务。而在建工程属于非流动资产科目，其核算范围包括新建、扩建、技术改造等固定资产构建活动。特别需要注意的是，日常修理费用若未达到固定资产确认标准，应直接计入管理费用而非在建工程。
实务操作中建议关注三个细节：第一，工程验收后应及时将在建工程结转至固定资产；第二，分期付款项目需在合同条款中明确预付款与进度款的划分标准；第三，对于EPC总承包等复杂工程，建议按单项工程设置明细科目核算。这些处理方式既能保证会计信息的准确性，也有助于工程项目的全周期成本管控。
