社会保险年度清算涉及的跨期调整具有特殊性和复杂性，其核心在于对以前年度盈余调整科目的运用。这类业务需要严格区分单位与个人的缴费责任，同时把握权责发生制原则与收付实现制的差异。由于涉及跨年度调整，会计处理必须通过调整期初余额而非当期损益，这对预算管理和财务核算都提出了更高要求。
当发生轧差退回时，单位需同步调整财务会计与预算会计系统。在财务会计层面，应借记银行存款或财政应返还额度，贷记以前年度盈余调整科目，这实质上是将多缴资金转回权益类科目。预算会计则需通过资金结存科目与年初余额调整明细科目联动，确保预算资金流水的完整性。值得注意的是，若退回资金需上缴财政，还应按照《政府会计制度》进行结转处理。
对于轧差补缴的会计处理需分阶段操作：
- 确认补缴义务阶段，通过借记以前年度盈余调整与贷记应付职工薪酬——社会保险费建立权责关系
- 实际支付阶段，将应付科目转入银行存款等实际支付科目，同时预算会计借记行政支出/事业支出并贷记资金结存这种分步处理既满足收付实现制的预算管理要求，又完整保留了权责发生制的核算轨迹。
全额退费再结算的特殊情形要求建立过渡科目管理资金流。收到全额退费时通过其他应付款科目暂存，后续结算时根据差额方向分别处理：当结算金额小于退费时，差额转入以前年度盈余调整；当结算金额大于退费时，差额部分需重新计提应付义务。这种处理方式有效规避了资金占用期间的核算盲区，确保退费资金全流程可追溯。
个人缴费部分的调整需建立清晰的往来核算机制。收到退费时通过其他应付款过渡，补缴义务确认时启用其他应收款追踪个人欠费。从工资代扣环节的核算链条看，需严格区分应付职工薪酬——基本工资与社保代扣的权责关系，确保个人缴费部分的核算不混入单位成本。这种处理既符合《政府会计准则》要求，也维护了职工权益的清晰界定。
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