政府单位在处理上缴剩余款时，需要根据资金性质、预算管理要求和会计科目规范进行差异化处理。这类业务既涉及财务会计对资产和权益的调整，也需要在预算会计中同步反映资金流向，核心在于准确区分财政拨款结余、非财政拨款结余及特殊调整事项的资金属性。以下是针对不同场景的实务处理方法。
对于财政拨款结余资金上缴，需同步调整财务会计和预算会计。当年形成的财政直接支付结余，年终需作结余资金核算：借：财政应返还额度——财政直接支付
贷：财政拨款收入
预算会计则通过：
借：资金结存——财政应返还额度
贷：财政拨款预算收入。若下年度需上缴这部分结余，财务会计通过累计盈余科目核减权益：
借：累计盈余
贷：财政应返还额度/零余额账户用款额度
预算会计对应处理：
借：财政拨款结余——归集上缴
贷：资金结存——财政应返还额度。
涉及非财政拨款结余资金上缴时，需特别注意资金用途限制。例如党建经费等非同级财政资金被收回，财务会计直接核减累计盈余：
借：累计盈余
贷：银行存款
预算会计通过专门科目反映资金去向：
借：非财政拨款结余——归集上缴
贷：资金结存——货币资金。若涉及跨年度调整，需使用以前年度盈余调整科目，例如审计发现以前年度收入误列时：
借：以前年度盈余调整
贷：应缴财政款
调整完成后转入累计盈余，确保权益科目准确反映资金变动。
对于收回多付款项后的资金上缴，处理流程更为复杂。以收回零余额账户多支付资金为例，当年收回时需冲减原支出：
财务会计：
借：银行存款（红字冲减费用）
贷：业务活动费用
预算会计：
借：资金结存——货币资金（红字冲减支出）
贷：行政支出。跨年上缴时则需通过累计盈余——归集上缴科目处理，体现预算指标的调整：
财务会计：
借：累计盈余——归集上缴
贷：银行存款
预算会计：
借：财政拨款结转——归集上缴
贷：资金结存——货币资金。
实务操作中需重点关注三个要点：一是资金属性判定，必须明确是财政拨款还是非财政资金；二是预算指标衔接，收回资金是否影响当年预算执行率；三是跨期调整规范，涉及以前年度差错需通过专用科目处理。例如使用财政应返还额度科目核算跨年结转资金，在预算会计中同步调整资金结存类科目，确保账务处理符合《政府会计制度》的平行记账要求。
