企业在日常经营或税务检查中发现需要补缴土地增值税时，需根据补缴税款的性质和所属期间进行差异化会计处理。这种调整不仅涉及应交税费科目的核算，还可能对以前年度损益调整和利润分配等科目产生影响，具体操作需结合补缴原因、金额及税务稽查结果综合判断。
若补缴的是当年度的土地增值税，通常属于当期税费核算范畴。企业应通过税金及附加科目计提补缴税款，同时确认负债。会计分录为：
借：税金及附加
贷：应交税费——应交土地增值税
实际缴纳时，通过银行存款科目核销负债：
借：应交税费——应交土地增值税
贷：银行存款
这种方式适用于企业自查发现当期少计提税款的情况，属于对当前财务报表的修正。
对于以前年度漏缴或少缴的土地增值税，需追溯调整历史财务数据。此时应使用以前年度损益调整科目，避免影响当期利润表。会计分录为：
借：以前年度损益调整
贷：应交税费——应交土地增值税
完成税款补缴后，需将调整金额转入利润分配——未分配利润科目：
借：利润分配——未分配利润
贷：以前年度损益调整
这种处理方式能准确反映补缴税款对历史经营成果的修正，同时保持当期会计信息的独立性。
补缴税款若涉及所得税调整，需同步处理跨期税务影响。例如补缴土地增值税导致以前年度应纳税所得额增加，企业需冲减多确认的所得税费用：
借：应交税费——应交所得税
贷：以前年度损益调整
该操作需在完成土地增值税补缴分录后执行，确保税务调整的完整性。
特殊情况下，补缴可能伴随滞纳金和罚款。根据会计准则，滞纳金应计入营业外支出：
借：营业外支出
贷：银行存款
需要注意的是，这部分支出不得税前扣除，企业在所得税汇算时需进行纳税调增处理。
实务操作中，房地产开发企业的补计提处理更具复杂性。例如某房企2024年清算时发现需补缴土地增值税800万元，其中500万元属于2023年预售阶段少计提部分。会计处理流程为：
- 追溯调整2023年损益
借：以前年度损益调整 500万
贷：应交税费——应交土地增值税 500万 - 计提2024年当期补缴部分
借：税金及附加 300万
贷：应交税费——应交土地增值税 300万 - 实际缴纳税款
借：应交税费——应交土地增值税 800万
贷：银行存款 800万 - 调整未分配利润
借：利润分配——未分配利润 500万
贷：以前年度损益调整 500万
该案例体现了跨期调整与当期处理的结合运用。
