当母公司投资的子公司发生亏损时，会计处理需要根据投资关系的性质和控制程度进行区分。对于采用权益法核算的长期股权投资（如联营企业或合营企业），母公司需按持股比例确认亏损份额；而对于控制关系下的全资或控股子公司，则需在合并报表中全额反映亏损，并在个别报表中评估资产减值风险。以下将围绕不同场景下的会计处理逻辑展开说明。
在权益法核算下，母公司对子公司亏损的确认具有明确的分录规则。根据《企业会计准则第2号》要求，当被投资方发生亏损时，投资方应按持股比例冲减长期股权投资账面价值。例如子公司亏损100万元且母公司持股50%，则需确认50万元损失，会计分录为：借：投资收益 50万元；贷：长期股权投资——损益调整 50万元。若子公司持续亏损导致母公司投资账面价值减至零后仍有超额亏损，则需要进一步区分是否承担额外义务，此时超额部分可借记其他综合收益或贷记长期应付款科目。
对于控制关系下的子公司，会计处理需分个别报表与合并报表两个层面。在个别报表中，母公司采用成本法核算，仅在实际收到股利时确认收益，不直接反映子公司亏损。但在合并报表编制时，需将成本法调整为权益法，通过调整分录全额反映子公司亏损：借：投资收益（按母公司持股比例）；贷：长期股权投资；同时涉及少数股东损益时，需同步调整少数股东权益科目。例如子公司亏损200万元且母公司持股80%，合并报表中需冲减长期股权投资160万元，并在股东权益部分体现40万元的少数股东亏损分担。
当子公司发生超额亏损（即亏损超过母公司投资账面价值）时，会计处理需要引入特殊机制。根据准则规定，母公司应先以长期股权投资账面价值为限确认亏损，剩余部分按以下顺序处理：1）冲减构成净投资的长期权益；2）确认预计负债（若存在连带责任）；3）计入其他综合收益。例如母公司初始投资30万元，子公司亏损100万元且持股50%，则会计分录为：借：投资收益 30万元；贷：长期股权投资 30万元；同时借：其他综合收益 20万元；贷：投资收益 20万元。这种处理既符合会计谨慎性原则，又为未来盈利恢复预留调整空间。
在税务处理层面，子公司亏损的会计确认与税法规定存在差异需要注意。会计上确认的投资收益借方金额（即亏损份额）并不能直接用于税前抵扣，需在企业所得税汇算清缴时进行纳税调整。但根据《企业所得税法》规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益属于免税收入，这一特性在子公司后续盈利恢复时可能产生税务筹划空间。
实务操作中还需特别注意三个要点：其一，合并报表层面的亏损分摊必须严格区分母公司份额与少数股东权益；其二，对连续亏损的子公司的减值测试需每年定期执行；其三，若涉及跨境子公司，汇率变动对投资账面价值的影响需通过外币报表折算差额科目单独列示。这些细节处理直接影响财务报表的准确性和合规性，建议企业建立专项核算指引并加强审计复核。
