非营利组织的会计核算具有显著特殊性，其核心特征体现在净资产分类和收入限定性管理上。与营利企业不同，这类组织采用非限定性净资产和限定性净资产科目替代所有者权益，收入需按捐赠者要求或法规限制分为限定性收入与非限定性收入。这种特殊架构要求财务人员在处理捐赠、服务收入等业务时，既要遵循权责发生制原则，又要精准执行资金用途分类，这对会计分录的规范性提出更高要求。
在捐赠收入处理中，需区分受托代理资产与直接捐赠。例如收到指定用途的物资捐赠时：
借：受托代理资产-电脑
贷：受托代理负债
若收到非限定性货币捐赠则直接计入收入科目：
借：银行存款
贷：捐赠收入-非限定性收入。对于附条件捐赠，若后期无法履约需退还部分款项，需通过其他应付款核算：
借：管理费用
贷：其他应付款。
服务收入类业务的处理需结合增值税申报要求。提供培训服务时：
借：银行存款
贷：提供服务收入-非限定性收入
应交税金-应交增值税。若涉及预收账款分期确认收入，则通过预收科目过渡：
借：预收账款
贷：提供服务收入-限定性收入。这类操作要求严格遵循收入确认时点，避免提前或延后入账。
费用核算需按业务活动成本和管理费用分类列支。例如支付讲师费用属于项目直接成本：
借：业务活动成本-限定业务活动成本
贷：银行存款；而银行手续费等日常开支则计入管理费用：
借：管理费用-非限定管理费用
贷：现金。特殊费用如限定性项目的固定资产购置，需同步调整净资产科目：
借：限定性净资产
贷：非限定性净资产。
期末净资产结转是核心环节，需将收入费用科目余额转入对应净资产。限定性收入结转：
借：捐赠收入-限定性收入
贷：限定性净资产；非限定性费用结转：
借：非限定性净资产
贷：业务活动成本/管理费用。该过程需确保限定性资金用途与账面记录完全匹配，避免审计风险。
税务处理需注意增值税区分和所得税计提。非营利性服务收入免税，但营利性收入需计税：
借：银行存款
贷：商品销售收入
应交税费-应交增值税。所得税计提需单独列支：
借：其他费用-企业所得税
贷：应交税费-应交企业所得税。这类操作要求财务人员熟悉《民间非营利组织会计制度》与税收优惠政策的衔接规则。
