水利疏浚工程作为典型的基础设施建设项目，其会计核算需遵循《政府会计制度》的特殊要求。工程从立项到竣工涉及预付账款、在建工程、公共基础设施等核心科目的系统核算，既要满足财务会计的权责发生制要求，又要兼顾预算会计的收付实现制特征。这类工程具有投资规模大、建设周期长的特点，会计核算需准确反映资金流向和成本归集过程。
在项目启动阶段，预付工程款需通过预付账款科目核算。当采用财政授权支付方式预付施工方工程款时，财务会计作借：预付账款—预付工程款，贷：零余额账户用款额度，同时预算会计同步登记事业支出与资金结存科目变动。若涉及勘察设计等前期费用，应通过在建工程—待摊投资归集，例如支付50万元勘察费时，需借：在建工程—待摊投资—勘察费，贷：零余额账户用款额度。
施工阶段的成本归集包含三个维度：①建筑安装工程投资用于核算土方开挖、疏浚设备租赁等直接费用，支付6000万元进度款时需借：在建工程—建筑安装工程投资，冲减预付账款并贷记银行存款；②设备投资核算疏浚船、泥浆泵等专用设备购置，500万元设备款应借：在建工程—设备投资；③待摊投资需按合理方法分摊，常见方式包括实际成本比例法（按单项工程成本权重分配）或工程进度法（按完工百分比分配）。例如将100万元共同费用按3:2比例分配给A、B项目时，需借：在建工程—A项目60万、在建工程—B项目40万，贷：在建工程—待摊投资100万。
工程竣工验收阶段涉及资产转化：①自用管理用房等配套资产转入固定资产科目，按192万元成本作借：固定资产，贷：在建工程；②主体疏浚工程形成的河道、堤坝等转入公共基础设施科目，按5900万元建筑安装成本和508万元设备投资作复合分录。若竣工决算尚未完成，需按暂估价值入账并在后续调整。特殊情况下，若工程包含代建部分，需通过基建转出投资科目核算转拨资金。
涉税处理方面需注意：①水利建设基金计提时借：税金及附加，贷：应交税费—水利建设专项收入，缴纳时冲减应交税费；②增值税处理区分一般计税与简易计税，月末需结转预缴增值税与未交增值税科目。预算会计需全程跟踪资金流动，确保每笔支付同步登记事业支出与资金结存变动，构建完整的双体系核算链条。
